Oude geschriften vermelden dat in er 1426 op deze plaats al een hoeve stond met de naam ‘Ooievaarsnest’. Vanaf de 16de eeuw was Bouckenborgh een hof van plaisantie dat later onder verschillende benamingen bekend stond. In 1810 werd het huidige kasteel gebouwd in laatclassicistische stijl, de beide dienstgebouwen dateren van 1775.
In 1908 betrok Frans Emiel Beuckeleers, een scheepsbouwer en stichter van het beroemde Zeevaartmuseum, het kasteel. Vervolgens werd het kasteel ingericht als bejaardentehuis. In 1971 werd de toemalige gemeente Merksem eigenaar van het Bouckenborghkasteel en richtte er een school voor buitengewoon onderwijs in. Later kreeg het kasteel, dat in 1994-1995 werd gerestaureerd, zijn huidige bestemming als cultuur- en jongerencentrum. Het bijhorende park is omgevormd tot openbaar park.